1.木腐菌
以木材为基质生长的真菌被称为木腐真菌，它们可以出现在倒腐木、树桩、树根或者枯枝上，有的甚至能在含有丰富木质素的其他物质上生长，比如生长在松果上的耳匙菌。又因为它们的菌丝体分解利用木材中的木质素或者纤维素和半纤维素，导致木材出现褐色或者白色腐朽，我们又可以将它们分成白腐菌和褐腐菌。褐腐菌分解木材中的纤维素，剩下大部分未被降解的木质素，形成褐色残留物组成的网状结构即褐腐；白腐菌在腐烂木质过程中同时破坏多糖和木质素，在一定条件下将木质的主要组分木质素、纤维素和半纤维素全部降解为二氧化碳和水。白腐菌不仅可以降解木质素，而且对多种生物难降解的物质，如单苯类化合物、氯苯、苯胺、氨酚、联苯、硝基芳烃化合物、杂环化合物、氰化物、杀虫剂、除草剂、卤化物、塑料及聚合物、挥发性有机物、煤、多环芳烃、染料等也具有很强的生物降解能力，是地球生物化学循环的重要组成部分，在环境保护和饲料转化等方面具有重要作用。
在中国，目前已知的木腐菌有1000多种，大部分的非褶菌目、部分伞菌目等都是属于木腐菌类，木腐菌是最容易驯化成功的类别，人工栽培木腐菌类食用菌占全球食用菌消费总量的85%以上。比如大家熟悉的灵芝、香菇、猴头菇、木耳、茯苓等都已经驯化成功进行人工栽培。
2.粪生菌
以动物粪便为基质生长的真菌被称为粪生菌。动物粪便里含有丰富的纤维素、木质素、维生素、矿物质等营养成分，尤其有机氮含量较高，特别适合真菌生长。球盖菇科、蘑菇科、鬼伞科和粪锈伞科里有很多属于粪生菌。前一阵很火的扶贫题材电视剧《山海情》里双孢蘑菇就属于粪生菌，它最初就是在马厩中被发现，因此刚开始人工栽培时人们以马厩肥做原料，然后才慢慢摸索出以鸡粪、牛粪、猪粪等为原料。
3.土生菌
以土壤为基质生长的真菌被称为土生菌，它们生于土壤，但是不与植物形成菌根。它们有的是腐生菌，有的和土壤里其他生物形成寄生或者是共生关系。灰离褶伞、环柄菇、田头菇、白鬼伞等都是土生菌。土生菌比木生和粪生食用菌都难驯化栽培，一方面是因为土壤的成分比较复杂，难以掌握某种食用菌适宜的土壤环境，另一方面有的可能需要某一种或者几种土壤微生物的伴生才能长出子实体。
参考文献：
【1】黄年来. 中国食药用菌学[M]. 上海科学技术文献出版社. 2010.
【2】卯晓岚. 中国蕈菌[M]. 科学出版社. 2009.
